El monasterio fue fundado en 1648 por Öndör Gegeen Zanabazar, el primer Jebtsundamba Kutuktu (el líder espiritual de los budistas del pueblo jalja en Mongolia Exterior) cuando vio que aquel lugar en el monte Shireet Ulaan era un lugar favorable.
[1] Al principio el monasterio se llamaba Bayasgalant Aglag Oron, lo que quiere decir «Dichoso lugar aislado».
En 1688 el monasterio fue destruido por los oirates durante uno de sus múltiples campañas militares contra los mongoles orientales.
En los años 1930 el complejo sufrió otra destrucción, esa vez por parte de los comunistas durante las represiones estalinistas en Mongolia, ya que el partido comunista tenía intención de destruir por completo el budismo en el país.
En actualidad, en el monasterio Tövjön está residiendo y practicando un pequeño grupo de monjes.