Creó el Colegio de Ciencias en donde incorporó tres departamentos (Matemáticas, Física y Química).

En 1931, la situación de guerra civil causada por el arresto del Hu Hanmin y la Invasión japonesa a Manchuria forzó la renuncia de Chiang Kai-shek en 1931 como Presidente del Yuan Ejecutivo.

Durante su gobierno fue un liberal que criticaba duramente las tendencias autoritarias de Chiang, sin embargo no fue purgado por ser hijo de Sun Yat-sen.

En las primeras elecciones presidenciales y vicepresidenciales bajo la Constitución de 1948, Sun aspiró a la vicepresidencia contra Li Zongren y Cheng Chien.

Sun fue miembro del Comité Ejecutivo Central del Kuomintang entre 1926 y 1950 y representó al partido en las negociaciones de paz con el Partido Comunista de China.