[2]​[3]​[4]​ Su padre, Jhon Lee Bottom, era un católico educado de Fontana, California.

En 2002, Phoenix protagonizó en tres meses seguidos This is Our Youth en el Garrick Theatre junto a Casey Affleck y Matt Damon.

Más tarde hizo apariciones en álbumes por la banda de la lluvia, The Papercranes.

[8]​[9]​[10]​[11]​ En marzo de 2016, Affleck y Phoenix anunciaron que se estaban separando.

[12]​ En 2003, ella y sus amigas Odessa Whitmire y Ruby Canner abrieron la boutique de ropa "Some Odd Rubies" ubicada en el lado bajo este de Manhattan.