Cloud y, en dos años, había subido a la prominencia en el Partido Republicano del estado.
En 1862 Miller regresó del Sur y reemplazó al brigadier general Henry Hastings Sibley como comandante del Camp Lincoln de Mankato.
Cuatro meses más tarde, Miller supervisó, por orden del presidente Abraham Lincoln, la ejecución de 38 Dakotas condenados por su parte en la guerra.
[1][2] Su carrera militar y el apoyo de Alexander Ramsey le aseguraron a Miller una victoria de gobernador en 1863.
[2] Miller optó por no postularse para la reelección y estuvo desempleado hasta 1871, cuando se convirtió en un agente de campo de una compañía ferroviaria en Windom.