Wojtyła puso a Dziwisz en su equipo como secretario personal durante el tiempo en que fue obispo auxiliar y luego arzobispo.
Cuando Wojtyła fue elegido papa, Dziwisz continuó en la Archidiócesis hasta que fue nombrado una vez más secretario privado de Juan Pablo II.
Muchos testigos han asegurado que Juan Pablo II y Dziwisz tenían una relación de padre e hijo.
Se cree que Juan Pablo II tenía esperanzas de hacer a Dziwisz Arzobispo de Cracovia y elevarlo a cardenal, puesto y título que había tenido el papa.
Es costumbre elevar a los arzobispos de ciertas sedes episcopales importantes, como Cracovia, al Colegio Cardenalicio.