Está situada a 1485 kilómetros al nordeste de Yakutsk, en la orilla izquierda del río Kolima.
Cuando los rusos llegaron en la década de 1640 construyeron tres fuertes en el Kolima: Nizhnekolymsk, Srednekolymsk y Verkhnekolymsk (inferior, medio y superior Kolima).
Algunos dicen que está era Nizhnekolymsk, pero Fisher[2] cree que la fortaleza original era Srednekolymsk y que el principal centro ruso se trasladó a Nizhnekolymsk en 1655 cuando la ruta al Anadyrsk se volvió más importante.
El asentamiento creció durante el siguiente siglo, y en 1775 se le dio la categoría de ciudad y su actual nombre (que significa ‘la ciudad en el centro Kolyma’).
La ciudad fue un destino para los exiliados políticos durante la era del Imperio ruso.