Trabajó en varias grandes empresas francesas (IBM-France, Le Groupe Pechiney, le Groupe Thomson y la compañía aeroespacial Air Inter) antes de regresar a Malí en 1984 para trabajar en la Compagnie malienne pour le développement du textil (CMDT).

[5]​[6]​ En enero de 2002 renunció al gobierno para dedicarse a la preparación para las elecciones presidenciales de 2002, y ADEMA-PASJ lo eligió candidato para suceder a Alpha Oumar Konaré.

[8]​ Considerando que había sido traicionado por el presidente Alpha Oumar Konaré, dejó ADEMA-PASJ, junto con algunos de los activistas, para fundar la Unión para la República y la Democracia (URD) en junio de 2003.

[10]​[9]​ Al presentarse en las elecciones presidenciales de 2013, quedó segundo en la primera ronda y se enfrentó a Ibrahim Boubacar Keïta en la segunda ronda.

[12]​ La oposición denuncia fraude electoral y Soumaïla Cissé pide un "frente democrático" contra el presidente saliente[13]​ mientras presenta apelaciones contra los resultados de las elecciones.

[14]​ Pero Cissé no logró reunir el apoyo de los candidatos eliminados.

[17]​ Cinco de los rehenes serán liberados para informar a las autoridades malienses que Cisse se mantiene con vida.

[17]​ Los secuestradores dicen pertenecer al grupo de Amadou Koufa, vinculado a Al-Qaeda.

También el líder religioso y político Mahmoud Dicko ha aceptado participar en las acciones destinadas a la liberación de Cissé.