Trabajó en varias grandes empresas francesas (IBM-France, Le Groupe Pechiney, le Groupe Thomson y la compañía aeroespacial Air Inter) antes de regresar a Malí en 1984 para trabajar en la Compagnie malienne pour le développement du textil (CMDT).[5][6] En enero de 2002 renunció al gobierno para dedicarse a la preparación para las elecciones presidenciales de 2002, y ADEMA-PASJ lo eligió candidato para suceder a Alpha Oumar Konaré.[8] Considerando que había sido traicionado por el presidente Alpha Oumar Konaré, dejó ADEMA-PASJ, junto con algunos de los activistas, para fundar la Unión para la República y la Democracia (URD) en junio de 2003.[10][9] Al presentarse en las elecciones presidenciales de 2013, quedó segundo en la primera ronda y se enfrentó a Ibrahim Boubacar Keïta en la segunda ronda.[12] La oposición denuncia fraude electoral y Soumaïla Cissé pide un "frente democrático" contra el presidente saliente[13] mientras presenta apelaciones contra los resultados de las elecciones.[14] Pero Cissé no logró reunir el apoyo de los candidatos eliminados.[17] Cinco de los rehenes serán liberados para informar a las autoridades malienses que Cisse se mantiene con vida.[17] Los secuestradores dicen pertenecer al grupo de Amadou Koufa, vinculado a Al-Qaeda.También el líder religioso y político Mahmoud Dicko ha aceptado participar en las acciones destinadas a la liberación de Cissé.
Soumaïla Cissé en Niafunké, segunda vuelta de las elecciones presidenciales de agosto de 2018
