La muerte prematura del Santo en 1537 supuso para la Compañía un momento de dificultad.
En esa encrucijada, cabía seguir adelante o disolver la Compañía, constituida entonces por laicos, sacerdotes diocesanos, e incluso religiosos.
La crisis se superó gracias a la aprobación diocesana concedida en 1538 por el obispo de Bérgamo.
En los años primeros, la Congregación dedicó sus esfuerzos casi con exclusividad al cuidado de huérfanos, lo que significó una auténtica especialización en ese campo, notable para aquella época.
Las nuevas fundaciones parecieron sintonizar mejor con el ideal de Jerónimo Emiliani.
Además, se revisaron las constituciones de la orden y se la adaptó a la legislación social vigente, abriéndose nuevas casas para menores y centros para recuperación de adictos.
Según los informes internos de la orden, desde la segunda mitad del siglo XX las nuevas fundaciones superan las 80 en Europa (Italia, España, Rumania, Polonia), en Asia (Filipinas, India, Sri Lanka) en América (Brasil, Colombia, Ecuador, El Salvador, Honduras, Guatemala, México, USA).