Su padre casó con Catalina Jagellón en 1562, momento en que Sofía y su hermano Julius (1559-1583), pero no su hermana menor, fueron retirados de la custodia de su madre y llevados a vivir con su padre.

Fue un gran evento con muchos invitados, tantos que durante la ceremonia una galería de la iglesia se derrumbó y murió una persona.

Para los católicos presentes este hecho fue interpretado como una maldición divina hacia los herejes.

El monumento funerario, escultura yacente en mármol, es obra del artista y arquitecto Arent Passer.

Pontus De la Gardie y Sofia Gyllenhielm tuvieron tres hijos: