La primera mención documentada de la ciudad data del año 973, cuando Otón II regaló el lugar al obispo Abraham von Freising.

Situada estratégicamene en la confluencia del río Selska y Poljanska Sora, recibió el estatus de ciudad tras ser elevada a centro administrativo por el obispado de Freising.

Un obispo llamado Felipe la reconstruyó rápidamente dándole la forma que actualmente conserva.

Los obispos siguieron siendo los dueños de Škofja Loka hasta 1803, año en que pasó a manos austríacas.

El antiguo ayuntamiento en Mestni trg data del mismo siglo y en 1972 fue restaurado, dejando los frescos barrocos al descubierto.