Los centros del sistema extrapiramidal se encargan de la modulación y regulación (control indirecto) de las células del asta anterior mientras que las vías piramidales (tractos corticoespinal y corticobulbar) inervan directamente las motoneuronas de la médula espinal y tronco cerebral (asta anterior y algunos núcleos de los pares craneales).
Los tractos extrapiramidales nacen principalmente en la formación reticular del puente y el bulbo raquídeo, y sus neuronas diana en la médula espinal están relacionadas con los reflejos, la locomoción, los movimientos complejos y el control postural, complementando al sistema piramidal, que se encarga de los movimientos voluntarios fundamentalmente.
Estos tractos están a su vez modulados por varias partes del sistema nervioso central, incluyendo el cuerpo estriado, los núcleos basales, el cerebelo, los núcleos vestibulares y diferentes áreas sensoriales de la corteza cerebral.
Todos estos componentes reguladores pueden ser considerados parte del sistema extrapiramidal, en cuanto a que modulan la actividad motora sin inervar directamente a las motoneuronas.
Los neurotransmisores implicados en la función del sistema extrapiramidal son dopamina, serotonina, acetilcolina y ácido gamma-aminobutírico.