Los órganos e instituciones que forman parte del Sistema Andino de Integración fueron creados, en su mayoría, en los diez primeros años del proceso de integración andino.
Dichos órganos e instituciones se rigen por el Acuerdo de Cartagena, y por sus respectivos tratados constitutivos y sus protocolos modificatorios.
Al entrar en vigencia el Protocolo de Trujillo, la institucionalidad andina adquirió su estructura actual.
Ahora, la conducción del proceso está a cargo del Consejo Presidencial Andino y el Consejo Andino de Ministros de Relaciones Exteriores.
Los órganos e instituciones que están articulados en el Sistema Andino de Integración son los siguientes: Los Representantes de las instituciones que conforman el SAI se reúnen de manera ordinaria al menos una vez al año y, en forma extraordinaria, cada vez que lo solicita cualquiera de sus integrantes.