Los pocos humanos que sobrevivieron en la destruida superficie terrestre fueron capturados y encarcelados en las torres bio-eléctricas de 01.
Sin embargo, veintitrés supervivientes fueron liberados por una misteriosa figura que se refería a sí mismo como El elegido.
Poco después, cuando Sion estaba parcialmente construida, los humanos tomaron el control tecnológico sobre la energía geo-térmica del núcleo del planeta y El elegido les llamó para continuar con la guerra, esta vez por medio de la Matrix.
La ciudad sería destruida en su totalidad, y cada uno de sus habitantes iba a morir; pero esto último nunca sucedió (véase la sección Propósito).
Son ellos quienes toman las decisiones con respecto a la administración de la ciudad y al esfuerzo en la guerra.
Este ciclo de destrucciones, reactualizaciones de Matrix y reconstrcciones, se rompió en la sexta iteración, cuando El elegido (encarnado por Neo) se negó a reiniciar el programa, y decidió en su lugar negociar una tregua con las máquinas.