Los síntomas principales de este síndrome son los siguientes: braquimetatarsia del primer metatarsiano, hipermovilidad del primer metatarsiano afectado, y callos en la base plantar de los segundos y terceros dedos del pie.
[1] Debido a que los síntomas principales son 3, el hombre que descubrió este síndrome (Dudley Joy Morton) también le llamo "El trío de Morton's".
Los síntomas del Síndrome de Morton's son causados por la distribución inapropiada de peso en el pie, esto se debe a que el hallux y el primer metatarsiano ambos están desarrollados para soportar la mayoría del peso distribuido en el pie.
La mayoría del peso que el pie soporta es distribuido al dedo más largo de este, por lo general es el dedo hallux (o gordo) del pie, debido a que tanto el primer metatarsiano debajo de este como el dedo hallux mismo son grandes y gruesos, pero, como ya se había mencionado, la distribución de peso apropiada solo puede ocurrir cuando estos son los más altos de todo el pie, en el caso del Síndrome de Morton's no lo son, debido a la corta altura del primer metatarsiano, esto lleva a que el dedo hallux también aparente tener corta altura, causando que todo el peso vaya al segundo dedo del pie, el cual no está lo suficientemente desarrollado como para soportar todo el peso en el pie, causando la distribución de peso inapropiada, esto lleva a varios problemas desde menores hasta severos, desde un incremento de la anchura del pie afectado hasta dolor de piernas debilitante, aunque los síntomas dependen de la severidad del dedo de Morton.
Todas las complicaciones en este síndrome son causadas por uno de los varios síntomas: el hallux corto El hallux en sí no es corto; más bien, es el hueso metatarsiano el que es corto, lo cual se le denomina como braquimetatarsia, debido a que afecta al primer metatarsiano, se le conoce como dedo de Morton.