MacDonough envió a Duncan para hacerse cargo de la división y asegurar su retirada.

Retirado del frente sin esperanzas de sobrevivir, fue atendido por el cirujano naval Henry Huntt quien consiguió salvar su vida.

[1]​ El 31 de mayo de ese año fue puesto al mando del USS Lexington y el 10 de junio fue enviado a São Paulo, Brasil, para sumarse a la división naval del Atlántico Sur relevando al USS Vandalia (comandante Kennon).

El 28 de diciembre la Lexington entró en la Bahía Anunciación bajo bandera francesa.

Duncan invitó al segundo de Vernet, Matthew Brisbane y a Henry Metcalf a bordo y cuando acudieron los arrestó.

Hecho esto, capturó la pequeña la goleta Águila, desembarcó sus fuerzas y detuvo a la población del pequeño poblado de Puerto Luis, saqueó las instalaciones, clavó los cañones y quemó la pólvora.

Tres naves de la Armada estadounidense llevaron el nombre USS Duncan en su honor.