La deforestación del valle fue causada por la extracción de madera que se requería para quemar la cal, que procedían de Zumpango o tula, y producir el estuco que revestía a la ciudad.
La erupción del volcán Ixtle por el año 400 a. C. Desestabilizo ecológicamente la cuenca y obligó a un gran número de pobladores a abandonar el sur de la cuenca y desplazarse hacia Teotihuacán y otros lugares, lo que ocasionó el colapso de la esfera política de Cuicuilco.
Las partes más bajas estaban cubiertas por matorrales y vegetación xerofítica.
[1] En la época contemporánea, la vegetación nativa ha cedido ante la creciente actividad humana, de modo que se ha reducido la superficie correspondiente al bosque de encino y pino-encino ante la deforestación.
Algunas zonas se han destinado para la agricultura de temporal y en otras se han introducido especies foráneas.