A finales de los años 30 y principios de los 40, Yoshida continuó participando en el movimiento nacionalista e imperialista japonés, aunque sin ejercer más cargos públicos; pero desde 1940 Yoshida se opuso que Japón entrase en una guerra contra Estados Unidos o Reino Unido, posición que mantuvo inclusive tras los primeros triunfos bélicos japoneses de 1941-1942.

Durante el conflicto, Yoshida trabajó con el príncipe Fumimaro Konoe para reducir la intervención militar, y luego para buscar un acuerdo de paz con los Aliados conforme se advertía que Japón no podría ya vencer, por lo que fue arrestado y encarcelado en abril de 1945.

Bajo el mandato de Yoshida, Japón consiguió reconstruir sus destruidas infraestructuras industriales y restablecer su poder económico, para lo cual se aprovechó en dictar normas que equiparasen a Japón con los sistemas económicos capitalistas del bando vencedor.

En política exterior, formuló la doctrina Yoshida de mantener una alianza político-militar con Estados Unidos desde 1948 en tanto la situación geopolítica se había transformado en gran medida y Japón debía ahora convivir con vecinos más poderosos militarmente como la URSS y la República Popular China, adoptando una posición pragmática de mantener la soberanía nacional aunque con una alianza militar con los estadounidenses.

se mantuviera en Okinawa hasta la firma definitiva del Tratado de San Francisco en 1955.