[4]​ El topógrafo general Thomas Mitchell fue el primer europeo del que se tiene constancia que viajara por la zona, al cruzar el río Goulburn en 1836 cuando regresaba a Sídney de una expedición para inspeccionar el río Darling y sus afluentes.

Siguiendo la recomendación de Mitchell, Joseph Hawdon y Charles Bonney le siguieron dos años más tarde, acampando en el emplazamiento de la ciudad junto al río Goulburn en 1838 mientras conducían el ganado desde Albury a Adelaida.

En 1843, la estación estaba dirigida por un hombre llamado Sherbourne Sheppard, que dio nombre a la ciudad.

Macguire vendió el edificio a John Hill en 1853, quien lo convirtió en un hotel, el Emu Bush Inn.

Este asentamiento pronto se conoció como Macguire's Punt, nombre que mantendría hasta la década de 1870.

Para entonces, además de Macguire's Punt, también se conocía como Sheppard town, Sheppardton y Shepparton.

Las frutas de temporada, como los melocotones, las peras y los albaricoques, se conservan en diversos envases.

Otros fabricantes importantes de la ciudad son Campbell Soup Company, Rubicon Water y Pental.

Entre los principales minoristas de Shepparton se encuentran Target, Kmart, Harris Scarfe (antes Fairleys Department Store), Bunnings Warehouse, Rebel, The Reject Shop y Dimmeys.