Severobaykalsk se fundó en los años setenta para los trabajadores contratados en la construcción del ferrocarril Baikal Amur Magistral.
Se decidió desarrollar la nueva ciudad de Severobaykalsk a 20 kilómetros (12 millas) al suroeste de Nizhneangarsk en una meseta sobre el lago, lo que permite nuevas ampliaciones y el desarrollo en el futuro.
El campamento creció rápidamente con el desarrollo del ferrocarril, y Severobaykalsk se concedió finalmente la categoría de ciudad en 1980.
Desde la finalización del Baikal Amur la ciudad ha estado en declive, con muchos proyectos cancelados durante la Perestroika.
A medida que la ciudad fue fundada principalmente por voluntarios del Komsomol la población es relativamente joven.