Tiene su sede principal en la ciudad puerto de Valparaíso.

[2]​ Entre sus principales funciones está la vigilancia y fiscalización del paso de mercancías por las costas, fronteras y aeropuertos del país, la intervención en el tráfico comercial para la recaudación de los impuestos aplicados a la importación y exportación.

[3]​ En 1503, la Reina Isabel I de Castilla decidió establecer, en el incipiente Imperio español, la Casa de Contratación de Sevilla, también conocida como Aduana de Sevilla, a través de la cual se comenzaron a centralizar las mercancías que salían desde España hacia las nuevas colonias americanas, recientemente descubiertas por Cristóbal Colón en 1492.

Hacia 1545 se estableció el impuesto aduanero del almojarifazgo,[4]​ que estuvo vigente durante más de dos siglos, hasta que fue suprimido en 1783.

[4]​ Los últimos directores nacionales han sido los siguientes: