Esta unidad sirve como apoyo aéreo para el resto de unidades del cuerpo.

Esta sección estaba compuesta inicialmente por 20 agentes y dos unidades del modelo MBB Bö-105.

La unidad primero estuvo basada en Cuatro Vientos para después pasar a compartir acuartelamiento con las Fuerzas Aeromóviles del Ejército de Tierra, en su base de Colmenar Viejo (Madrid).

Posteriormente, en 2008, el Servicio incorporó sus primeras unidades de ala fija.

[1]​[5]​[1]​ El SAER se vio muy involucrado en la lucha contra el narcotráfico y tráfico ilegal de personas, especialmente los BK-117, que empezaron a trabajar conjuntamente con las patrulleras.

El FLIR es excelente para la vigilancia y patrullaje sobre el mar, ya el calor corporal de una persona puede ser fácilmente detectado en el océano.

En Nuadibou se asignó permanentemente un destacamento con un helicóptero BO-105 que apoya a la patrullera de altura Río Duero.

En 2016 se realizó la penúltima incorporación, cuatro helicópteros AS-365N3 Dauphine fueron cedidos por el Ministerio de Agricultura y Pesca.

Los nuevos helicópteros están dedicados principalmente en labores de vigilancia marítima.

Actualmente se busca terminar de reemplazar a los BO-105, con unos 35 años de antigüedad, y equiparse con un nuevo helicóptero medio que reemplace a los BK-117 en vigilancia marítima.

El Servicio Aéreo de la Guardia Civil lidera actualmente la adquisición, la operación y la experiencia en aeronaves no tripuladas (RPAS).

Por ejemplo se asigna un aparato a la base en Benasque (Huesca) durante los meses de julio y agosto.

El nombre para llamada radio es Cuco seguido del número de serie asignado.