Su lucha puso sobre la agenda política costarricense la violación de los derechos indígenas en Costa Rica.

Sin embargo, fue criminalizado cuando logró al fin tomar control de esta institución que siempre había estado en administración de personas no indígenas y que perpetuaban la usurpación del Territorio Indígena.

Es así como en noviembre de 2014, el Poder Judicial y la Fuerza Pública realizaron un operativo en Salitre, y el Ministerio Público acusó a Rojas y a ocho personas más por una calumniosa administración fraudulenta a través de la Asociación de Desarrollo Integral (ADI).

Sólo quedó detenido Rojas, quien pasó siete meses en la cárcel sin que la fiscalía haya formalizado cargos en su contra.

[16]​ El criterio del tribunal es que la investigación penal del asesinato cometido en marzo de 2019 debe continuar, pues no se han agotado las herramientas investigativas disponibles.