Sergio nació en Gerena y se graduó en AD San José.
En noviembre de 2015, Pérez se mudó al Recreativo de Huelva y regresó al fútbol juvenil.
Durante la temporada 2016-17 jugaría en las filas del Atlético Onubense.
Tras lograr el ascenso con la UD Almería B a Segunda División B,[1] en la temporada 2018-19 hizo su debut en Segunda División con el primer equipo, el 17 de agosto de 2018, saliendo como sustituto de Joaquín Arzura en una derrota por 0-1 contra el Cádiz CF.
Durante esa temporada alternaría el filial en Segunda B con el primer equipo.