A su vez, fue árbitro FIFA por doce años, tras ser incluido en la lista en el año 2000.
Estuvo preseleccionado para acudir a la Copa del Mundo FIFA 2010, pero una lesión lo dejó fuera de las pruebas preliminares.
Participó como representante argentino del arbitraje en la Copa América Venezuela 2007 en la cual tuvo a cargo tres partidos, incluyendo el choque por cuartos de final entre México y Paraguay.
Minutos después, Pezzotta no cobró una clara falta de Claudio Pérez sobre Leandro Caruso dentro del área, un penal que podría haber sido el 2-0 y, momentáneamente, la salvación para River.
Años después, Pezzotta manifestó que los sucesos de aquel partido implicaron en graves consecuencias para él.