La selección femenina de fútbol de Estonia representa a Estonia en las competiciones internacionales de fútbol femenino.

Jugó su primer partido oficial el 5 de junio de 1994 contra Lituania, perdiendo por 3:0.

Hasta el momento no ha podido clasificarse a alguna edición de la Eurocopa Femenina, la Copa Mundial Femenina de Fútbol, o a los Juegos Olímpicos.

Actualizado al último partido jugado el 16 de julio de 2024