El clima en Seis de Abril es húmedo y subtropical.

Los meses más fríos son es enero y diciembre, con 13.5 °C, mientras que los más calurosos son mayo, junio y agosto con 20.5 °C.

La precipitación anual es de 517 milímetros al año.

El mes más lluvioso es septiembre, con unos 104 milímetros de lluvia, mientras que enero y febrero son los meses más secos, con 17 milímetros.

[6]​ Instituto Nacional de Estadística y Geografía