En esta versión 2016, se sumarán Cienciano y Sport Loreto, ambos descendidos del Campeonato Descentralizado 2015, además de Academia Cantolao que fue subcampeón de la Copa Perú 2015.

León de Huánuco, tercer descendido del Descentralizado, ha quedado deportivamente inactivo pues tiene una demanda en el Tribunal de Arbitraje Deportivo, ante lo cual también se sumarán Alfredo Salinas, Unión Tarapoto, Sport Áncash y Cultural Santa Rosa por haber obtenido méritos deportivos en la Copa Perú 2015.

El Campeonato se jugará en treinta fechas, con partidos todos contra todos en dos ruedas, en el campeonato un Club tiene derecho a jugar en condición de local una vez contra cada uno de los demás Clubes participantes.

El ganador será declarado Campeón y el perdedor ocupará el segundo lugar como Subcampeón.

Definición del descenso Los Clubes que ocupen el penúltimo y último lugar en el puntaje acumulado al finalizar el Campeonato Descentralizado ADFP-SD 2016 descenderán de Categoría, debiendo incorporarse en la Etapa Departamental de la Copa Perú 2017.