Entre tanto en la edición inaugural de la Copa Bicentenario integraría el Grupo G con Real Garcilaso, Academia Cantolao y Cienciano, donde quedaría último sin puntos.

En la Liga 2 2020 quedó en el último lugar pero al no haber baja debido a las restricciones por la pandemia de COVID-19 en el país mantuvo la categoría.

[2]​ En la Liga 2 2021 terminó en sexto lugar en el acumulado y clasificó al reducido por la promoción donde fue eliminado en la primera eliminatoria por Unión Comercio que lo venció por 2-1.

Ya en la final su rival fue el Alianza Universidad donde empatarían 4-4 en el global y por ende el ascendido se tuvo que definir desde el punto penal, finalmente la ciudad de Andahuaylas vería como Los Guerreros vencerían 3-2 y por lo tanto se concretaba un histórico ascenso a la Primera División, siendo el primer club del departamento de Apurímac que pisaba la máxima categoría del fútbol peruano.

En su primera temporada en la Liga 1, Los Chankas CYC lograron consolidarse como un equipo competitivo, destacando su fortaleza como locales en la altitud de Andahuaylas.

Durante la pretemporada 2025, Los Chankas CYC disputaron varios amistosos clave para ajustar su plantel renovado de cara a la Liga 1.

Sin embargo, cerraron su preparación con una victoria 2-1 sobre Sport Huancayo en el Estadio Yuri Campos Mendoza del Distrito de Talavera en Andahuaylas.

[8]​ Estos partidos permitieron al cuerpo técnico evaluar el rendimiento del equipo y realizar ajustes estratégicos para encarar la te.

En su diseño destaca la figura de un guerrero Chanka, simbolizando la fortaleza y resiliencia que el equipo busca representar en el campo.