La Segunda División Peruana 1946, la 4° edición del torneo, fue jugado por ocho equipos.

Se disputó desde finales de 1946 hasta inicios de 1947 y fue organizada por la Asociación No Amateur.

Respecto al torneo anterior, ningún equipo fue promovido o relegado en la Rueda de Promoción de 1945 y dos equipos ascendieron de la Liga Regional de Lima y Callao 1945.

El ganador del torneo, Ciclista Lima Association, logró el ascenso a la Primera División de 1947 mientras que Progresista Apurímac perdió la categoría al haber ocupado el último lugar.