El Campeonato Ecuatoriano de Fútbol de Segunda Categoría 1988 fue la edición n.º 15 de la segunda división del fútbol ecuatoriano, este sería oficialmente el último torneo en considerarse como el segundo escalafón de la pirámide del Fútbol Ecuatoriano ya que para la temporada de 1989, nuevamente sería considerado como el tercer escalón de la pirámide del Fútbol Ecuatoriano, tal como se había acordado hace 1 año en congreso ordinario de la Federación Ecuatoriana de Fútbol, en el caso del ascenso para la Serie B 1989, se decidió que ascendieran los 3 equipos que terminansen en los 3 primeros puestos de la liguilla, en caso de que terminasen con mismo puntaje se decidiría al campeón por medio del gol diferencia para que el torneo no se hiciera lo suficientemente largo tal como ocurrió en la edición de 1985.
[1] El 9 de Octubre(M)(actual Delfín) lograría su primer título que le daría la oportunidad de participar en el Campeonato Ecuatoriano de Fútbol Serie B 1989, mientras que el Calvi obtendría el segundo subcampeonato que también le daría la oportunidad de participar en aquel campeonato, mientras que LDU(C) obtendría el 3er.
lugar que también le daría la oportunidad de participar en aquel campeonato.
Los equipos de Los Ríos y Manabí.
Clasificados como Primeros (Ganadores de cada Grupo) Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; Dif=Diferencia de gol