La Secretaría Nacional de Ciencia y Tecnología (SNCYT) fue un organismo dependiente de la Presidencia de la República cuyo cometido fundamental era la formulación de las políticas y estrategias para la promoción de la investigación y la innovación en todas las áreas del conocimiento.

La SNCYT fue creada en 2015[1]​ y su primer titular fue nombrado el 19 de marzo de 2018.

En diciembre de 2016 el presidente de la república instruyó a la ministra de Educación y Cultura María Julia Muñoz, que con el apoyo de la Academia Nacional de Ciencias del Uruguay, realmente pusiera en funcionamiento la Secretaría en 2017.

[3]​ En noviembre de 2017 Eduardo Manta, doctor en química y secretario de la Academia Nacional de Ciencias, fue designado como Secretario Nacional de Ciencia y Tecnología, no obstante, la toma de posesión del cargo no se hizo efectiva hasta marzo de 2018.

Con el cambio de gobierno del 2020, la Secretaría fue eliminada, transfiriéndose sus funciones y competencias a una Dirección del Ministerio de Educación y Cultura.