También asiste a sus respectivos presidentes y al alto representante de la Unión, como presidente del Consejo de Asuntos Exteriores.

La Secretaría General está dirigida por un secretario general, nombrado por la mayoría cualficada del Consejo, que responde políticamente ante el pleno del mismo y que garantiza, en cooperación con la presidencia de turno de la institución, el buen funcionamiento de sus trabajos.

Bajo su autoridad, y previa aprobación por el pleno, la Secretaría General ejecuta el presupuesto de la institución.

Actualmente la secretaria general del Consejo es la francesa Thérèse Blanchet.

Entre estas últimas se incluyen el Estado Mayor de la Unión Europea y el SitCen (centro de información y operaciones).