Sebastián Bértoli comenzó su carrera como futbolista en Universitario de Paraná y jugó al básquetbol en Estudiantes.

En 1993 jugó en las inferiores de Newell's Old Boys y en 1995 pasó por Racing Club.

En 1996 volvió a "la U" y en 1997 jugó en Unión de Crespo el Torneo Argentino B.

En 1998 repitió el torneo con Don Bosco y en 1999 llegó a Universitario de Villa Libertador General San Martín, donde se consagró dos veces campeón.

[2]​ Sin embargo, declaró que compatilibizaría ambas tareas durante el primer año, dejando el retiro para la próxima temporada.