Scleroglossa se apoya en análisis filogenéticos que usan rasgos morfológicos (características anatómicas visibles).
De acuerdo con varios análisis morfológicos, Scleroglossa es el taxón hermano del clado Iguania,[1][2] el cual incluye a las iguanas, camaleones, agámidos y los lagartos del Nuevo Mundo.
Juntos, Scleroglossa e Iguania componen al grupo corona Squamata, la agrupación evolutiva más restringida que incluye a todos los lagartos y serpientes actuales.
Análisis filogenéticos recientes basados en datos moleculares (como las secuencias de ADN) colocan a los iguanianos más dentro de Squamata junto con las serpientes y los anguimorfos.
Un nuevo clado, Bifurcata (lengua bifurcada) ha sido propuesto para incluir a Iguania como el taxón hermano de Anguimorpha.