[2]​ El código de base original fue reescrito más adelante por otros desarrolladores.

En 2010 Fabian Pedregosa, Gael Varoquaux, Alexandre Gramfort y Vincent Michel, todos de INRIA tomaron el liderazgo del proyecto e hicieron la primera distribución pública el 1 de febrero de 2010.

[3]​ Entre las diferentes extensiones o scikits de Scipy, scikit-learn  y scikit-image fueron descritas como "bien-mantenidas y populares" en noviembre de 2012.

Scikit-learn fue inicialmente desarrollada por David Cournapeau como proyecto de Google Summer of code en 2007.

En 2010 INRIA, el Instituto francés para la Investigación en Informática y Automatización, se involucró en el proyecto y la primera distribución pública (v0.1 beta) se realizó a finales de enero de 2010.