En la Formación Barstow, las dos especies de Scaphohippus ocurren con solo otro caballo hipsodonte, Acritohippus stylodontus.

Scaphohippus aparentemente se desarrolló en las Grandes Llanuras a finales del Hemingfordiano, hace unos 17 a 16 millones de años e invadió la Gran Cuenca hace unos 15 millones de años.

También se han encontrado especímenes de la especie en otros tres sitios en California y uno en Nebraska.

Los pocos ejemplos del lugar están muy triturados o han sido alterados debido a la presión durante la fosilización.

Las fosetas del esmalte son más simples y poseen menos pliegues que los de S. sumani.