El Santuario se creó con el fin de proteger a las comunidades indígenas kofanes presentes en la zona así como los bosques del piedemonte andino que poseen gran variedad de plantas medicinales utilizadas en la medicina tradicional kofán.
El área comprende un importante y extenso bosque húmedo ubicado en el piedemonte andino-amazónico que contiene una gran variedad de plantas medicinales, especialmente la del yoco que es usada como estimulante y purgante, además de su uso más importante como preventivo para enfermedades tropicales como la malaria.
El área está dominada por los ríos Orito y Guamuésy también Su altura varía entre 700 y 3300 m s. n. m. El clima corresponde a un clima de selva húmeda en su parte más baja, mientras en su parte alta pertenece al de bosque andino.
Sin embargo la riqueza vegetal del parque no radica solamente en el yoco.
Recientes estudios demostraron que existen unas 35 familias y 60 géneros de plantas, la mayoría de ellas empleadas para fabricar medicinas tradicionales.