La pequeña loma está incluida totalmente en el departamento de Bolívar, en jurisdicción del municipio San Juan Nepomuceno, al costado occidental de su cabecera municipal.

El clima es cálido, con una precipitación anual de 1.500 mm, lo que provoca un déficit de agua que afecta a la vegetación unos tres o cuatro meses al año.

La loma está formada por rocas sedimentarias, cuya edad geológica se calcula en el Cretáceo tardío y el Eoceno.

La vegetación del santuario se divide en tres tipos básicos: caducifolia (pierde sus hojas en temporada seca), subhigrofítica (soporta cambios de humedad sin perder sus hojas) e higrofítica (dispone de humedad suficiente durante todo el año).

Aunque las lluvias se prensetan en algunas épocas del año, la formación de neblina en horas nocturnas permite a la vegetación obtener humedad esencial para su supervivencia.