Se encuentra ubicado en la parte norte de la ciudad, en las laderas del Monte Tamazono-san, y cuenta con una escalera de piedra que conduce desde la montaña a los diferentes edificios que componen el santuario.El santuario Suwa se fundó para intentar detener y revertir la conversión al cristianismo que estaba teniendo lugar en Nagasaki.Otros dos espíritus kami también están consagrados en el santuario Suwa, los tres que se celebran durante el Kunchi.Shogunato Tokugawa había tomado el poder y revirtió su política amistosa hacia el cristianismo.[1] Con el fin de atraer la atención y fomentar la asistencia al nuevo santuario, se llevó a cabo un ritual dramático yutate-sai, donde un sacerdote demostró su comunión con los kami hundiendo sus manos en agua hirviendo.Estas actuaciones se prolongaron hasta 1856, cuando un gran incendio en el santuario destruyó la mayor parte de las costosas máscaras y utilería Noh.Nada más producirse el bombardeo, muchos residentes locales se apresuraron a destacar que la famosa Catedral Urakami y barrios católicos circundantes habían sido aniquilados, mientras que el santuario sintoísta seguía en pie.
El complejo del santuario se encuentra en la parte superior de una larga escalera.
