Pueblos originarios vivieron en las orillas de sus ríos y actualmente se han encontrado diversos vestigios que están siendo investigados para aportar más información acerca de ellos.

A mediados del siglo XVII cuando la ciudad de Santa Fe se traslada a su actual emplazamiento, los padres jesuitas compran las tierras en donde fundaron la estanzuela de Santo Tomé.

Nombre que fue adaptado en el uso popular y que testimonia la devoción de los padres de la Compañía hacia el apóstol santo Tomás, al quien los indígenas llamaban Pai Zumé.

Esta comunidad conformada por unas pocas familias creció hasta convertirse en un centro poblacional de mayor importancia donde la gente experimentaba el deseo de organizarse y poseer sus autoridades e instituciones propias.

Noventa años después, el crecimiento poblacional y el desarrollo socioeconómico demostraron la pertinencia de reconocerlo como ciudad.

Con el correr de las décadas se evidenció una tendencia al crecimiento norte-sur que comprende barrios de tradición histórica y numerosos complejos habitacionales que se asentaron en forma vertiginosa en los últimos años.

Todo esto genera aquí en Santo Tomé un espacio turístico para la zona donde desarrollar deportes acuáticos, náuticos y pesqueros de orilla o con embarcaciones.