Su capacidad para imponerse en las pruebas contra el reloj, combinado con sus dotes para la montaña hacen de Botero un ciclista completo.

[2]​ Durante la mayor parte de su carrera, fue miembro del equipo Kelme, pero en 2003 se sumó al T-Mobile.

En octubre de 2004 se incorporó al Phonak, junto con Miguel Ángel Martín Perdiguero del Saunier Duval y Víctor Hugo Peña y Floyd Landis del Discovery Channel-Berry Floor.

Santiago parecía un robot a esa altura de la prueba y apenas jadeaba.

[4]​ Le insistió en que debía formarse en Europa y no en Colombia, es cuando Santiago debuta como profesional, en 1996 en el equipo español Kelme.

En 1999 estrenó su palmarés profesional con sendas victorias de etapa en la París-Niza y la Vuelta a Andalucía.

Ese mismo año dio positivo por testosterona y estuvo suspendido seis meses al finalizar la temporada, aunque el médico del Kelme, Eufemiano Fuentes, alegó que su organismo lo producía de manera natural.

[5]​[6]​ La técnica IRMS que permite diferenciar la testosterona endógena (producida por el organismo) de la exógena (dopaje) no fue desarrollada e introducida en los controles antidopaje hasta siete años después, en 2006.

Ese año también ganó dos etapas en el Tour de Francia: la novena, una contrarreloj individual en la que venció al favorito Lance Armstrong y la etapa 15, de montaña, con llegada a Les Deux Alpes.

Durante su paso por el equipo coincidió con ciclistas como Jan Ullrich, Andreas Klöden, Erik Zabel y Alexander Vinokourov.

[9]​[10]​ Entre las pruebas recabadas por el instituto armado se encontraban las siguientes: A causa de su vinculación con la Operación Puerto, Botero fue apartado del equipo Phonak, en una decisión que el corredor calificó como «injusta», por lo cual no pudo participar en las carreras programadas para la temporada 2006.

: abandono Como amateur Botero trabaja en Caracol Televisión como comentarista del Giro, el Tour y la Vuelta.