Hasta el año 2012, fue el segundo edificio más alto de Andalucía, solo superado en su torre por la Giralda.

Así, por estas fechas ya estaban en pie la cabecera y la sacristía, y puede decirse que hasta entonces habían intervenido en el magno proyecto en mayor o menor grado todos los grandes maestros del Renacimiento andaluz.

Se perdieron valiosas obras de arte, como retablos, imágenes religiosas y mobiliario litúrgico, y aunque la estructura principal no colapsó, algunas áreas, como la capilla del Sagrario con su retablo de Alonso Cano, resultaron afectadas.

Quedaron sin construir una torre –de ahí su mote de "La Manquita"–, el tejado, la sacristía mayor, la espadaña central, la ornamentación escultórica, etc.

[10]​ En el año 2011, se redacta el Plan Director de la Catedral de Málaga,[11]​ que llevó a cabo otro arreglo provisional de las bóvedas cerámicas que estaban agrietadas en el año 2015, ya que la restauración del 2009 resultó ineficaz volviendo a producirse filtraciones, convirtiéndolo además en un espacio visitable.

En el piso inferior hay tres arcos monumentales y en ellos, puertas flanqueadas por columnas de mármol rojizo.

Los de las puertas laterales representan a los patronos de Málaga, San Ciriaco y Santa Paula, mientras el central representa la Anunciación del Señor, obra labrada en 1743 por el escultor barroco Antonio Ramos.

Dichas portadas contienen una puerta semicircular con arquivoltas sobre capiteles y cuerpo con tres hornacinas, la central de medio punto y adinteladas las laterales, de interesante composición palladiana.

La Catedral tiene sus propios jardines y un bello patio de naranjos que recuerda la antigua mezquita.

La catedral cuenta con planta rectangular, está compuesta por tres naves, siendo la del centro de mayor anchura que las laterales y todas con igual altura.

[21]​ Posee capillas laterales en todo el perímetro de la iglesia salvo los pies, con crucero sensiblemente resaltado, girola y ábside poligonal.

El resto del interior se cubre por espectaculares bóvedas vaídas, decoradas con grutescos y palmas, donde en un alarde de maestría se montan nuevos pilares sobre los ya existentes en el centro del templo para ganar altura, dejando atrás definitivamente el tradicional escalonamiento gótico de las tres naves.

José Micael Alfaro dotó de un severo dramatismo a sus imágenes usando recursos manieristas.

Las cajas fueron talladas y diseñadas por José Martín de Aldehuela, en armoniosa composición con el resto del templo.

El trascoro está presidido por un altar donde reposa una bella Piedad esculpida en mármol por los hermanos Pissanis.

La capilla mayor acoge pinturas manieristas del artista italiano César Arbasia.

Las entradas pueden adquirirse en el Palacio Episcopal, la Plaza del Obispo o en la taquilla de ArsMálaga.

Cuando los reyes Isabel y Fernando conquistaron Málaga mandaron convertir el templo islámico en iglesia cristiana.

La portada gótica por la que se accede a la iglesia es la obra más antigua del templo.

El nombre que los Reyes Católicos dieron a las catedrales tras la Reconquista, de la Anunciación o Encarnación, es un elemento diferenciador respecto al Islam».

Al otro lado de la Puerta del Perdón, en los jardines del Sagrario, que antiguamente era el patio de las abluciones, la fachada esgrafiada muestra signos marianos que en ocasiones han sido malinterpretados.

Todavía perdura y se puede ver en un lateral el contorno de su estructura, la cual unía el Obispado a la primigenia catedral.

En ese mismo año, con motivo de una visita de la Reina Isabel II, se eliminó la escalinata del Sagrario en calle Santa María, «porque la caravana real no cabía por el pasaje, y el pórtico parecía un retablo colgado en la pared», aclaró Ramos.

La portada sufrió una restauración en el siglo XIX con microceras calientes que han inundado la piedra, también erosionada por la humedad, ya que bajo los cimientos discurre además un río subterráneo procedente de Los Montes.

En 2020, durante una serie de sondeos que se estaban llevando en los cimientos del templo, se descubrieron restos paleocristianos, lo que certifica la presencia cristiana en las inmediaciones de la catedral desde muy temprana fecha.