Entonces conoció por primera vez a Bill Clinton, como otro joven abogado que participaba en la campaña de McGovern, entablando una amistad duradera.
Cuando se presentó en 1992, Clinton tuvo a Berger como asesor principal de política exterior en su campaña, y tras la victoria electoral fue asistente del director del equipo de transición presidencial.
Berger defendió su actuación: "Pedí al Departamento de Energía que profundizara e intensificara sus investigaciones.
En unas cuantas semanas, el FBI abrió una completa investigación del principal sospechoso.
Berger, junto con diversos jefes de la inteligencia, se mostró extremadamente cauto a la hora de apoyar una intervención militar aliada en la frontera entre Serbia y Albania, donde las fuerzas serbias masacraban a la población civil albano-kosovar.
[2] (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
La mayoría del material sustraído eran informes sobre la forma en que la Administración Clinton había enfrentado las amenazas de Al Qaeda en 1999.
En 2004 colaboró en la campaña presidencial del senador John Kerry, como asesor informal para asuntos de política exterior, hasta que dimitió por la controversia desatada por la extracción de material clasificado para testificar ante la Comisión del 11-S.