San Rafael del Paraná es un distrito paraguayo ubicado en el departamento de Itapúa.

El Puerto oficial actual es el «Puerto 3 de Febrero» Esta zona es la más fría del país, debido a su posición en el extremo austral, a la ausencia de elevaciones que pongan freno al viento Sur, y al gran porcentaje de humedad que presenta.

Su población se dedica mayoritariamente a la agricultura, como el algodón, soja y yerba mate.

También se encuentra el puerto San José que está ubicado en Apeaime que se dedica al comercio, donde da trabajo a muchas personas, debido a la gran visita de argentinos.

Juan León Mallorquín, por la cual se puede acceder de varias formas siendo el más utilizado el acceso «Cruce Santa Clara» pasando por Edelira, Natalio y Yatytay, se que encuentra pavimentado con algunos tramos en avanzado deterioro, lo conecta con la ciudad de Encarnación, capital del Departamento a unos 138 km, y además con la ciudad de Asunción, capital del Paraguay, y con otras localidades del departamento, y del país.

Se llega al lugar, a partir de Encarnación, viajando por la Ruta N.º 6 Dr.

Justo Morel Leiva, Vicente Ignacio Iturbe, María Auxiliadora y la más reciente San José Obrero que está en un nuevo asentamiento del distrito.