Fundada a partir de la llegada del ferrocarril a la zona o tal vez antes, las personas más longevas de la localidad afirman su fundación entre las décadas 1940 y 1950.

Esta comunidad, a pesar de no ser la cabecera municipal de Urique, es uno de los pueblos más importantes por ser la localidad más poblada, superando a otros pueblos como Urique o Bahuichivo.

Además es la puerta del municipio hacia la capital del estado y tiene el carácter de sección municipal.

[6]​ Desde hace ya varias décadas, la población de San Rafael se ha dedicado a la explotación forestal; la cual es la actividad económica primordial de la comunidad, algunos pobladores se dedican a la ganadería y la siembra y cosecha del sorgo Otras actividades de la comunidad son los servicios educativos como las primarias Justo Sierra, CIS, Melchor Ocampo, La Secundaria Es-72 o la preparatoria semi pública ubicada dentro del pueblo.

Por estar localizado dentro de la sierra madre occidental, el pueblo ha tenido acceso a los recursos forestales desde sus inicios, sin embargo el uso excesivo de los árboles de la zona ha llevado a una explotación sin precedentes en las últimas tres décadas.