Este pueblo fue una reducción de nativos napeanos e iquitos y estaba situada a orillas del río Nanay hasta mediados del siglo XVIII.

Fundado por los jesuitas y organizado por el padre José Bahamonde, el pueblo formado a orillas del Amazonas tomó el nombre de San Pablo de Nuevo Napeanos.

Con el tiempo, los nativos napeanos progresivamente fueron abandonando el caserío hasta quedar sólo nativos Iquitos, por lo que, a fines del siglo XVIII ya se le conocía como “el caserío de Iquitos”.

Por 1862, la población se incrementó a cerca de 431 pobladores y en 1864, se registran 648 habitantes, predominantemente mestizos por la presencia de familias procedentes de Borja, Santiago, Santa Teresa, Barranca y otros, que huyeron del ataque de nativos Huambisas y Aguarunas que destruyeron estos pueblos.

Iquitos fue una lánguida y olvidada villa hasta la llegada de los marinos y buques peruanos “Pastaza”, “Próspero” y “Morona”, mandados por el presidente Ramón Castilla, que traían las piezas para instalar la Factoría Naval (ubicada en el malecón Tarapacá), debido a que la ciudad se encuentra favorablemente situada entre el río Nanay y la margen izquierda del río Amazonas, convirtiéndose en punto obligado de partidas hacia otras regiones.