El nombre San Miguel es en honor del Arcángel Miguel, considerado como patrono del municipio y el nombre Amatitlán se origina de las palabras en náhuatl amatl, que significa Árbol de papel amate, y titlán, que significa entre; por lo que su nombre significa Entre los amates.

La demarcación tiene un segundo nombre en mixteco, el cual es "Itu Tu Ñuu",viene de "Itu"-loma y"Tu ñuu" -Amate,que significa "loma de los Amates".

Otro nombre en mixteco es Dibi Ñuu Yoo;"Dibi" significa -gente- "Nuu" -tierra-, "Yoo" se refiere sobre nuestra persona y significa en su totalidad Nuestro Pueblo.

Efectivamente había en la loma que ahora es el centro del pueblo cuatro amates, dos eran muy grandes y bajo su sombra estaba el mercado, y dos más siguen en pie.

Se desconoce en qué momento inició la población del territorio, pero se estima que el primer asentamiento estaba en el Cerro de la Cruz, el cual recibía el nombre de Suchitepec, en náhuatl es: ¨"Xuchilt- flor- y "Tepetl"-cerro- y en mixteco Nuyta que significa Cerro de la flor, viene de "Nu" -lugar- y "Yta"-flor-.