Comenzó su participación en los torneos oficiales en la segunda división, finalizando en quinta posición (de nueve participantes) con 17 puntos, fruto de siete victorias, tres empates y seis derrotas.
El equipo extra ascendería a segunda división en 1905, tras ocupar la tercera plaza de la zona "D" junto a equipos como Gimnasia y Esgrima de Buenos Aires, San Isidro III y Porteño III.
El mismo año del ascenso del equipo extra a segunda división, el equipo principal también lograría ascender de categoría, pero a Primera División.
Logró el ascenso junto a Argentino de Quilmes, San Isidro y Belgrano Athletic II.
También en 1906, San Martín sumaría un tercer equipo que jugó durante tres años en la tercera división.