[2]​ La principal fuente hidrográfica del municipio está compuesta por el río Coco, que recorre el territorio con dirección oeste al noroeste.

Algunas quebradas en su recorrido forman algunos saltos, siendo el más relevantes el Chorro de la Virgen.

Las tropas invasoras norteamericanas en un intento de reducir la base social en la zona al General Sandino dispusieron militarmente reunir a todos los habitantes de la región del actual municipio en lo que hoy es el centro urbano, obligándolos a reconcentrarse y construir casas, que con el tiempo se volvieron permanentes, éstas fueron denominadas como "campo de reconcentración cívica", actualmente forman el casco urbano del municipio.

Hombres: 19,255 (50.5%)      Mujeres: 18,882 (49.5%) Rural: 25,017 (65.6%)      Urbano: 13,120 (34.4%) San Juan del Río Coco tiene una población actual de 38,137 habitantes.

[2]​ La Población del municipio se distribuye en varias comunidades: El Casco urbano y 40 rurales:[3]​