San Juan Bautista en meditación es un cuadro del pintor flamenco El Bosco, ejecutado en óleo sobre tabla que mide 48,5 centímetros de alto por 40 cm de ancho.
Se encuentra en el Museo Lázaro Galdiano de Madrid (España).
Como el resto de la producción del Bosco, no hay unanimidad en cuanto a su datación.
Se expuso por vez primera en una muestra celebrada en el Museo Boymans de Róterdam en 1936.
Son las primeras pinturas llamadas «meditativas», en las que el santo aparece inmerso en un paisaje idílico, con tonos cristalinos que recuerdan a la pintura de Giorgione.